小丸子是一名小学二年级的女生，她活泼、好动、懒惰、什么事情都拖到最后一刻才做、学习不认真、成绩平平、经常和姐姐斗气、爱幻想、做事没恒心……在小丸子身上我们或多或少都看到了自己童年的影子。如果小丸子算是一个“怪人”的话，那么她的周围可谓“怪人”多多，有点神经质的班长丸尾同学、权利欲极强的女副班长、经常和小丸子一起疯的爷爷，讨人厌的宾治同学等等，这群性格各异、精力充沛的小孩、大人们，每天都在演绎着生活的趣事，伴随着小丸子一天天长大。
“バンパイア”のテスト飛行中、謎の触手から攻撃を受けた藍華。彼女はどうにか機体を立て直すが、敵の正体は不明であった。そんな中、藍華はエリから呼び出され、久々に彼女やカレンとの再会を果たす。だが、それは藍華に依頼をするためであった。カレンの通っている聖エアロ学園に潜入し、ここで起きている連続失踪事件を調べることとなった藍華。そして、エリが怪しいと睨んだ時計塔は、例の触手が潜んでいた場所でもあった。
召集了各个分野上的超一流的高中生，为培育他们成长而设立的政府公认特权学园「私立希望之峰学园」。在这个学园，存在着云集了超高校级的才能的"本科"，与只要支付了高额学费就谁都能够入学的"预备学科"两个学科。 不仅仅是才能，连性格也充满了个性的第77期本科生。他们不只是固执于他们的才能，而是学习到了『对于人生来说重要的不是才能，是在与人之间的交流中研磨人格与创造回忆』，各自像普通的高中生一样讴歌着学园生活。
メジャーリーガーの父（吾郎）を持つ、主人公・茂野大吾と親友の佐藤光、佐倉睦子たちの友情を描いた前作（第１シリーズ）から２年―。 小学６年生だった大吾や睦子は、中学２年生の春を迎えていた。 姉・いずみも通っていた私立風林中の野球部に進んだ大吾たち。 ところが、先輩の多くが抜け、残されたメンバーは個性的な女子ばかり。 そこにクセの強い新入生たちもやってきて…。 山あり谷ありの中学野球部ライフが幕を開ける！？
